Parku Kombëtar i Butrintit është një nga zonat më të rëndësishme të trashëgimisë sonë kulturore, arkeologjike, mjedisore dhe turistike të vendit. Zemra e Parkut Kombëtar është qyteti Antik i Butrintit, ekzistenca e të cilit vazhdoi pa ndërprerje, që prej periudhës së prehistorisë e deri në mesjetë, duke ofruar kështu një shumëllojshmëri kulturash dhe periudhash historike. Në saj të vlerave të larta historiko-kulturore qyteti antik i Butrintit u përzgjodh fillimisht si Monument Kulture në vitin 1948, në ligjin e monumenteve të Kulturës së Shqipërisë. Ndërsa, në 1981 pylli i Butrintit është përshkruar nga ligjet shqiptare në ruajtje për rëndësinë e mjedisit.
Në vitin 1992 Butrinti u pranua si vendbanimi i parë arkeologjik i Republikës së Shqipërisë në listën e Trashëgimisë Botërore të UNESCO-s. Për shkak të trazirave civile të vitit 1997, Komiteti i Trashëgimisë Botërore në dhjetor të këtij viti përfshiu Butrintin në Listën e Trashëgimisë Botërore në Rrezik. Në 1998-99 me mbështetjen e Ministrit të Kulturës së asaj kohe, Edi Ramës, u hartua një projekt i ri për të promovuar Butrintin si një destinacion kryesor kulturor për ekoturizmin. Qëllimi i këtij projekti ishte zgjerimi i kufijve të Butrintit për të mbrojtur peizazhin lagunor dhe bregdetar, të përkufizuar si “magjia dhe misteri i vendit”. Në Korrik 1998, me një vendim të Këshillit të Ministrave të Republikës së Shqipërisë, Butrinti kalon në varësinë e drejtpërdrejt të Ministrisë së Kulturës, Rinisë dhe Sporteve. Krijohet Bordi i Butrintit me kryetar bordi vet Ministrin e Kulturës, si dhe Zyra e Administrimit dhe Koordinimit të Qytetit Antik të Butrintit (VKM nr. 450, 1 Korrik 1998). Detyra kryesore e Bordit të Butrintit është hartimi, shqyrtimi dhe miratimi i strategjisë së zhvillimit të gjithë zonës së Parkut, në përputhje me detyrat funksionale të çdo institucioni që përfaqësohet në Bord. Në korrik të 1999 Ministria e Kulturës aplikon në UNESCO për zgjerimin e sipërfaqes së sitit, i cili miratohet në fund të vitit nga Komiteti i Trashëgimisë Botërore ku përfshihet dhe gjiri i Butrintit. Në 2000 Butrinti shpallet Park Kombëtar në mbrojtje të shtetit të zonës arkeologjike të Butrintit dhe UNESCO zyrtarisht zgjeroi sipërfaqen nga 20 ha që kishte qenë më parë në 29 km².
Emërtimi si Park Kombëtar u bë me qëllim për mbrojtjen dhe konservimin e monumenteve historike dhe trashëgiminë e pasur mjedisore. Me përcaktimin e parkut të ri u bë prioritet edhe përfshirja e komunitetit të zonës, nëpërmjet përfshirjes së prodhuesve lokalë për të shitur prodhimet e tyre tradicionale në Butrint, hapjes së vendeve të punës sezonale, ndërgjegjësimi i brezit të ri me aktivitete të ndryshme në Park, me qëllimin që të arrihet një ekulibër i kënaqshëm për të gjitha palët e interesuar të Parkut. Për administrimin e Parkut Kombëtar u ngarkua Zyra e Administrimit dhe Koordinimit e cila është person juridik publik që mbështet, nxit, koordinon dhe mbikëqyr kërkimet shkencore, në bashkëpunim me institucione shtetërore ose private, kombëtare dhe ndërkombëtare për promovimin, ruajtjen, pasurimin dhe ekspozimin e trashëgimisë kulturore, për menaxhimin dhe ruajtjen e mjedisit në Parkun Kombëtar të Butrintit.
Me ngritjen e Parkut Kombëtar, në 2000, UNESCO siguroi fonde për zhvillimin e programeve për komunitetet e zonës, Banka Botërore mbështeti me një financim thelbësor zhvillimin institucional të Parkut, Bashkimi Europian votoi për mbështetjen e zhvillimit të infrastrukturës për të joshur, kontrolluar dhe ndihmuar administrimin e vizitave dhe ruajtjen e sitit. Fondacionet La Shinto dhe Worldmate rinovuan shkollën e fshatit Vrinë në hyrjen jugore të Parkut, ndërsa Fondacioni Leventis ndihmoi në ngritjen e një muzeu të ri. Me një vendim të Këshillit të Ministrave në 2002 zona ligatinore e Butrintit dhe territori përreth, 29 km², u shpallën si zonë natyrore veçanërisht e mbrojtur dhe në korrik të 2003 u përfshi nën Konventën Ramsar si sit ligatinor me rëndësi ndërkombëtare, për habitate të shpendëve ujorë. Pas një pune të gjatë dhe vlerësuese nga ana e Parkut dhe bashkëpunëtorëve të tij në gusht të 2005 Komiteti i Trashëgimisë Botërore vendosi heqjen e Butrintit nga Lista e Trashëgimisë Botërore në Rrezik. Në nëntor të 2005 Këshilli i Ministrave vendosi zgjerimin e Parkut Kombëtar të Butrintit në 86 km². Kufijtë e Parkut Kombëtar të Butrintit janë: Në Veri: Vija lidhëse Berdenesh–Kallmit–Qenuri, që kalon në tokat bujqësore të Vurgut; Në Lindje: Vija lidhëse Qenuri-Xarrë, duke kaluar nëpër kurrizin e malit të Miles; Ne Jug: Vija lidhëse Xarrë- Shëndëlli-Vrinë, deri në Stillo; Në Perëndim: Vija lidhëse nga Berdeneshi deri në kufirin shtetëror me Republikën e Greqisë, përfshi edhe ishujt e Ksamilit.